財政部南區國稅局表示，配偶兩人的綜合所得稅以家戶申報制為原則，但如果涉及法定事由與分居等兩種情況，像是配偶受家暴而取得保護令，還有不同居達六個月以上且向法院聲請宣告改用分別財產制等情況，經獲准後，配偶可採分開報稅。

按照財政部1977年函釋規定，配偶若是在年度中向戶政機關登記結縭或離婚者，在隔年辦理當年度綜合所得稅申報時，可選擇與配偶分開或合併辦理結算申報。換言之，如果是前一年度結婚或離婚，今年申報綜所稅可選擇分開或合併申報。

另依所得稅法規定，除前一年婚姻關係有變動情況外，只要婚姻關係存在且未涉及特別情況，兩人綜合所得稅則採家戶申報制，雙方所得皆需合併申報，但可採分開計稅。其計稅方式大致上分為三種，包括全部所得合併計稅，適合雙方收入差距較大者；另有配偶薪資所得分開計稅，適合雙薪上班族；最後則是配偶各類所得分開，適合家庭收入多來自股利、執行業務等各類所得者。

但法理不外乎人情，依照財政部2015年頒布的「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」，如果涉及兩種特別情況，配偶即使維持婚姻關係，也能分開報稅。

首先是法定事由，如果受到配偶家暴而取得暫時、緊急或通常保護令等，因多數可能仍在打離婚官司，我國明定有必要給予暫時性的分開報稅需求，避免配偶因報稅又受到傷害。

其次為配偶分居已久，符合民法「難以維持共同生活」定義者，只要符合其條件，也有分開報稅資格，包含配偶分居六個月以上且向法院聲請宣告改用分別財產制獲准等情況，或是配偶分居六個月以上且法院依利害關係人請求或依職權酌定未成年子女權利義務行使或負擔者，只要符合任一條件即可分開報稅。